第一部的最后，藤丸和其朋友力挽狂澜地阻止了病毒危机。而这次他们面临的则是更加令人恐怖的核弹恐怖计划。在病毒危机结束后两年，受其影响的藤丸决定再也不碰电脑，可是他还是不能组织自己和朋友九条音弥（佐藤健 饰）、高木遥（川岛海荷 饰）被卷入到新的计划当中。载有核弹的飞机正在一点点向东京逼近，而东京的群众却毫不知情，为了避免东京遭受到核弹的重创，藤丸和音弥不得不继续开始奋战。而他们所面对的除了老对手折原玛雅（吉濑美智子 饰）和神崎润（成宫宽贵 饰）外，还有许多新人。而结果究竟如何呢？